Daniele,
Respondendo suas perguntas, temos:
1) Sim o 13 é indenizado, é parte integrante das verbas rescisórias, porém incidirá desconto para o INSS, bem como o FGTS;
2) Quanto a empresa funcionar aos sábados, tenho a informar que o pagamento em espécie (dinheiro vivo) não importará em aplicação da multa, porém, se o pagamento for em cheque, entendo a aplicação da multa porque os bancos não funcionam neste dia.
3) Já se o pagamento ocorrer após o dia 26/07, voce terá direito à multa prevista no artigo 477, da CLT (1 salário base para a rescisão), porém aconselho a receber as verbas rescisórias, datando e assinando o Termo de Rescisão de Contrato de Trabalho na data efetivamente paga, e buscar as diferenças, em sede de justiça do trabalho.
Em relação a eventual equiparação salarial, apesar da formação da secretária demitida, se conseguir provar que passou a exercer a mesma função, executando as mesmas atividades com a mesma complexidade do trabalho que a empresa exigia da secretária paradigma, acredito que será possível, visto que pode ser entendido que a empresa demitiu um funcionário com salario mais alto para passar as atividades para outro funcionário (seu caso) com salário inferior, sem contudo reduzir a complexidade dos trabalhos. Tal prática é vedada pela CLT (artigo 461), exceto se a relação de trabalho dos empregados com a empresa resultar de uma diferença de tempo de admissão de 2 anos ou mais, conforme trancrevo abaixo.
Art. 461 - Sendo idêntica a função, a todo trabalho de igual valor, prestado ao mesmo empregador, na mesma localidade, corresponderá igual salário, sem distinção de sexo, nacionalidade ou idade. § 1º - Trabalho de igual valor, para os fins deste Capítulo, será o que for feito com igual produtividade e com a mesma perfeição técnica, entre pessoas cuja diferença de tempo de serviço não for superior a 2 (dois) anos.
Em outras palavras, voce precisará provar a data de admissão da secretária paradigma (se ela foi admitida dois anos ou mais antes de voce, não vislumbro tal possibilidade); provar que as tarefas que voce executava não são diferentes das tarefas que a secretária paradigma executava; provar que não houve nenhuma alteração na complexidade dos trabalhos.
Atenciosamente