Os portugueses não encontraram no Brasil sistema judicial algum, daí porque implantaram nas novas terras toda a organização judiciária que dispunham. As comemorações da chegada de D. João VI ao Brasil incluem também o nascimento de um sistema judicial.
No Reino Português, o monarca exercia a função jurisdicional e era auxiliado por juízes de sua livre escolha – os ouvidores, que compunham a Casa da Justiça da Corte. Aliás, naqueles tempos era comum o exercício da atribuição de julgar cometida aos próprios reis ou aos seus fiéis servidores; posteriormente é que este encargo passou para funcionários com obediência a normas especiais e rígidas, a exemplo do sigilo dos atos da justiça, do rito, do estilo ou de falar em voz alta. As Ordenações Afonsinas (1446/1521), dando seqüência aos ensinamentos das tradições visigóticas, consideravam o rei apto a "reger justamente o seu reino e manter o povo em direito e justiça".
O Tribunal de Desembargo do Paço foi criado no reinado de D. João II (1477), quando então passou a ser distinto da Casa d´el Rei, também conhecida por Mesa Grande, mais tarde Casa da Suplicação, com funções de Tribunal de Graça; a outra Mesa, divisão da Casa da Justiça ou Desembargo do Paço, era a Casa do Cível, depois Casa da Relação.
Inicialmente, o Desembargo era subordinado à Casa de Suplicação, tornando-se autônomo somente com a publicação do Regimento especial, em 1521, na edição das Ordenações Manuelinas (1521/1603). A partir deste momento, os desembargadores do Paço passaram a despachar diretamente com o Rei e reuniam-se na sala do Paço; daí advém um novo Tribunal, o Desembargo do Paço, propriamente dito.
Em 1533, foi regulamentado, constituído de Mesa do Desembargo, Repartição das Justiças e do Despacho da Mesa e Repartição das Comarcas. Cada órgão destes tinha uma atribuição; passou então a ser o Tribunal dos Desembargadores do Paço, competindo-lhe, em reexame, apreciar os processos originários da Câmara Cível ou da Casa de Suplicação. O Desembargo era composto por um "Regedor da Justiça", um chanceler-mor, doutores, desembargadores do paço, juiz dos feitos d’el rei, procuradores da justiça, corregedor da Corte e três ouvidores.
Todos os outros tribunais eram dirigidos pelos Governadores, que possuíam poderes além do jurisdicional, pois prestavam consultoria aos chefes dos executivos aos vice-reis, na definição de limites entre capitanias, além de outras atuações na área político-administrativa.
O Regimento atribuía-lhe competência para expedir, em nome do rei, alvarás e provisões referentes às questões judiciais, graças e mercês; expedir alvarás de fiança; despachar petições e perdões; comutar condenações ou penas; fazer o recrutamento e a nomeação de magistrados e confirmar suas eleições; conceder cartas de privilégios de habitação e de legitimação; resolver os conflitos de competências entre outros tribunais; assim como todos os problemas relativos à administração da justiça.
No período de dominação de Portugal pela Espanha (1580 a 1640), sofreu o Desembargo duas significativas alterações: Regimento de julho de 1582, de Filipe I, de Portugal, e Carta de março de 1605, de Filipe II; por esta última, ficou esse Tribunal autorizado a passar provisões enquanto não viessem assinadas pelo rei.
O Desembargo do Paço era o Tribunal Supremo, de relevância na monarquia portuguesa e antecessor histórico do Supremo Tribunal Federal; foi presidido pelo monarca até o reinado de D. Sebastião, quando passou a sofrer alterações, inclusive com alargamento de suas funções.
Apesar do caráter eminentemente revisional, historiadores consideram o Desembargo do Paço como órgão mais administrativo do que mesmo judicial. Ninguém nega, entretanto, que o Tribunal dos Desembargadores do Paço reexaminava os processos originários da Câmara Cível ou da Casa de Suplicação e dispunha de poderes superiores aos dos outros Tribunais, pois solucionavam, em última instância, desentendimentos complexos entre governo e justiça.
O Desembargo do Paço e a Casa da Suplicação, até início do século XVI, quando se separaram, eram conhecidos também como Tribunal da Corte ou Casa da Justiça. Em épocas diferentes, usa-se a expressão Desembargo do Paço para expressar a proximidade do órgão com o Rei do que mesmo para diferenciar entidades jurisdicionais. A denominação Desembargo do Paço se deve ao fato de que se pedia aos "sobrejuízes", que "desembargassem os feitos o mais asinha possível"; "sobrejuízes" que formavam a Mesa Grande, presidida pelo rei, era a designação dada aos juízes que formavam os tribunais superiores, porque tinham poderes para reapreciar o que já fora decidido pelas instâncias inferiores; a denominação dos magistrados de segunda instância atualmente usada origina-se da expressão acima, "desembargassem...". A primeira lei com esta denominação é datada de 1266. "Asinha" ou "aginha" é vocábulo antigo usado no século XV com o significado de apressadamente, com facilidade, com agilidade. A palavra Paço significa o local onde está instalado o Tribunal, aproximando o termo de Palácio.
Com a transferência da Corte portuguesa para o Brasil, através de Alvará, datado de setembro de 1811, foram constituídas Mesas do Paço nas capitanias de todos os domínios ultramarinos
Nossa organização judiciária, no período colonial, não diferia da que existia em Portugal: a Casa da Suplicação, o Desembargo do Paço, a Mesa da Consciência e Ordens etc. Surgiu entre nós a Ouvidoria Geral que exercia também as funções judiciárias.
Em agosto de 1833, o Desembargo do Paço foi extinto, passando sua atribuição para a Secretaria de Estado do Rio e dos Negócios Eclesiásticos e da Justiça.
Já neste período, queixava-se contra a morosidade da Justiça, contra a formalidade exagerada do sistema e contra a corrupção. Os desembargadores do Paço eram acusados de comutar penas por dinheiro ou do uso de extrema cortesia na punição aos fidalgos.