Os benefícios são semelhantes, mas suas consequências podem ser bem distintas.

Os benefícios da isenção e da alíquota zero podem parecer bastante semelhantes, pois desoneram o contribuinte dos efeitos econômicos de um determinado tributo. 

Dizer que uma determinada operação é sujeita à isenção ou alíquota zero significa dizer que o contribuinte estará livre do desembolso do respectivo tributo.

Mas as semelhanças acabam por aí, pois isenção e alíquota zero não são sinônimos.

O que é isenção?

A isenção pode ser traduzida como a dispensa legal do pagamento de um determinado tributo.

Ou seja, o contribuinte de um determinado tributo pratica o seu fato gerador, mas, diante de alguma previsão legal, fica dispensado do pagamento do respectivo valor.

É o caso, por exemplo, da isenção do ITBI nas vendas de imóveis de baixo valor. O proprietário vende o imóvel, praticando o fato gerador do ITBI, mas, diante do baixo valor da operação, é dispensado do pagamento do valor do imposto.

O que é alíquota zero?

A alíquota zero, por outro lado, indica que a operação será normalmente tributada, porém, mediante a aplicação de alíquota zero, o que elimina o valor correspondente ao tributo devido.

A alíquota é o percentual que recai sobre a base de cálculo do tributo. Por isso, sendo a alíquota zero, o valor devido igualmente será zero.

Logo, em caso de alíquota zero, não haverá crédito tributário a ser pago pelo contribuinte.

Benefícios semelhantes, consequências distintas:

Apesar de possuírem efeitos semelhantes, suas consequências nem sempre são idênticas.

Por exemplo, uma empresa sujeita ao regime não-cumulativo do PIS e da COFINS (lucro real) não tem direito ao crédito dessas contribuições em relação aos insumos adquiridos com alíquota zero.

Porém, podem ter direito ao crédito dessas contribuições sobre os insumos adquiridos com isenção, desde que esses sejam aplicados na fabricação de produtos cuja receita de venda será normalmente tributada pelas contribuições.