A Comissão Parlamentar de Inquérito, para certos atos, necessita da autorização do Poder Judiciário. A seguir serão dispostos os poderes que não competem à CPI, fazendo-se necessário a autorização judicial para: expedir mandado de busca e apreensão domiciliar. Essa também é uma competência judicial, conforme at. 5.º, inciso XI. Para efeito judicial considera domicílio todo espaço corporal, autônomo e limitado. É todo local onde o cidadão reside ou trabalha com ânimo definitivo. Inclusive até debaixo do viaduto pode ser considerado casa; expedir mandado de interceptação telefônica, conforme art. 5.º, inciso XII; suspensão ou dissolução das atividades da associação, de acordo com o artigo 5°, inciso XIX; determinar a constrição de bens; decretar prisões, exceto em flagrante; o artigo 5°, LXI diz que a prisão em flagrante poderá ser feita por qualquer pessoa e a autoridade judicial deverá prender em flagrante; impedir que o investigado deixe o país ou impedir que ele saia de uma localidade; ofender o princípio da reserva de jurisdição; determinar a apreensão de passaporte; restringir o direito contra a auto incriminação ou obrigação de sigilo profissional; proibir ou restringir assistência jurídica aos indiciados ou testemunhas; mandado de busca e apreensão.
O Ministro Celso de Mello chama de reserva constitucional de jurisdição a competência exclusiva do Judiciário para determinar a expedição da prisão, a busca e apreensão domiciliar e a interceptação telefônica.
O relator da CPI, ao terminar os trabalhos, submete o relatório à votação e, se oportuno, será remetido ao Ministério Público para promover a responsabilidade civil ou criminal dos autores. A remessa não é obrigatória. O Ministério Público também pode requisitar o relatório e tem um prazo para manifestar-se, conforme lei 10.001/00. O relatório não obriga e nem vincula o representante do Ministério Público, pois este tem independência funcional, art. 127 da Constituição Federal. A Comissão Parlamentar de Inquérito pode também fazer recomendações, apresentar projetos de lei e representar perante o conselho de ética, mas nunca impõe sanção.
