Até onde eu sei desmembramento só será possível se o tamanho do lote e da testada comportar o desdobro e a edícula tiver saída direto para a rua, o que foge do conceito de edícula. Talvez seja possível instituir um condomínio onde cada imóvel terá sua matrícula, muito embora usando de áreas comuns a ambos. Outra possibilidade seria direito de laje. Veja na prefeitura onde você se encaixa.
Eu usei "puxadinho" entre aspas justamente porque me refiro a construção irregular, onde primeiro o camarada constrói e só depois pensa em legalizar a construção. E se já tem entrada independente e se sua obra segue o código de obras não deve ser difícil, mas será meio burocrático. Leve em conta que sua obra talvez não tenha respeitado o limite mínimo de área a ser mantida permeável ou o coeficiente máximo de aproveitamento do terreno e mexer com a prefeitura pode impactar o seu IPTU. Tente ver com um arquiteto antes se sua obra realmente se enquadra. De qualquer forma não quis ofender. Boa sorte