Esse é um problema que pode gerar complicações jurídicas e tributárias, por isso é importante buscar uma solução o quanto antes.

Retificação do registro.

Se o desmembramento foi feito de forma correta, mas houve um erro no registro dos terrenos no cartório, é possível solicitar a retificação do registro, apresentando os documentos que comprovem a divisão original dos lotes e os respectivos proprietários.

Esse procedimento pode ser feito administrativamente ou judicialmente, dependendo da complexidade do caso e da concordância das partes envolvidas.

Por isso, eu recomendo que você consulte um advogado especializado em direito imobiliário para obter uma orientação mais precisa e adequada à sua situação.

Por si só o desmembramento autorizado pela prefeitura não é suficiente para mudar a titularidade do imóvel. Por ora não gaste dinheiro com advogado, vá a qualquer cartório de notas e veja com o será elaborada a escritura e os devidos recolhimentos de ITBI. Claro está que todos os interessados devem estar de acordo. A seguir, levem a escritura ao cartório de registro de imóveis que atende à comarca. Se houver algum óbice por parte do cartório de notas então sim consulte um advogado.

Primeiro consulte um advogado, pague a consulta. A grosso modo, a usucapião resolveria. Já enfrentei inventários, com bens matriculados, porém com uma série de irregularidades, bem como impeditivos da própria prefeitura, inviabilizando o desmembramento dos lotes.

Se entendi direito o desmembramento já foi feito; resta apenas regularizar a propriedade. Hoje cada terreno pertence aos três irmãos e o que se pretende aqui é que cada irmão seja único proprietário de apenas um terreno.