O roubo ocorreu onde?

A princípio não pode ocorrer desconto.

eu trabalho externo em uma moto da empresa, ocorreu na rua , estava na moto fechando uma ordem de serviço.

Caso fortuito ou força maior exime a responsabilidade do dever de ressarcir. Então se de fato houve um roubo (força maior) a empresa não poderá exigir ressarcimento.