O caso colocado não me parece difícil. Entre com uma ação de consignação em pagamento contra a pessoa a quem o cheque foi dado. Se não for encontrado será citado por edital. Após a procedência da ação , o Juiz considerará quitado o débito. Leve uma certidão do processo ao banco e está resolvido.

Caso voce não possui o cheque, deve comprovar o pagamento através de recibo com o número do CPF do fornecedor do recibo. Tirar uma certidão negativa de protesto para comprovar se o cheque não está sendo executado. Levar ao Banco sacado. O Banco var lhe cobrar uma taxa de exclusão na média R$ 22,00 reais e fazer a esclusão de seu nome do CCF (Banco Central.