Exercício de cargo de chefia por mais de 4 anos

o Servidor é celetista ou estatutário???
No Município existe alguma lei disciplinando sobre as gratificações???

Para responder sua pergunta, primeiramente se faz necessário saber qual a esfera do funcionalismo público ocupada pela pessoa em questão.
Federal, Estadual ou Municipal?
Tão somente como curiosidade, temos, no caso do Estado de Santa Catarina, um exemplo de alteração pertinente às chamadas agregações. Há alguns anos, aqui neste Estado, ocupando-se um cargo de chefia pelo período de 05 anos, agregava-se 100% (cem por cento) do cargo comissionado. Assim, mesmo que o servidor voltasse para o cargo no qual prestou concurso, continuaria percebendo, após completados os 05 anos, a mesma remuneração alcançada quando ocupava cargo de chefia. Contudo, face alguns abusos, houve alteração na legislação Estadual no que diz respeito ao tema em questão, vedando todo e qualquer tipo de agregação, mesmo que o servidor passe toda sua existência funcional ocupando um cargo que exija mais responsabilidade.
Realmente isso foi lamentável.
Todavia, o exemplo serve para lhe alertar que a pergunta deve ser mais específica, posto que a resposta será encontrada na legislação concernente à esfera na qual está vinculada o servidor.

Faltam mais detalhes para que se possa emitir um parecer.