Para poder ajudar, necessito de algumas informações:

a) foi instaurado inquérito disciplinar ? b) foi dada ampla defesa ? c) foi ajuizada ação penal ? d) a extinção pela prescrição foi no inquérito ? e) houve algum procedimento como mandado de segurança ? f) data de exoneração ?

Almir, a doutrina e a jurisprudência tem se firmado no sentido de que o processo administrativo nada tem a ver com a ação penal em casos de cometimento de ilícitos por servidores públicos. Ou seja, há independência entre os procedimentos.

Entendo que no seu caso específico, o fato da ação penal ter sido extinta não tem o efeito de dar direito à reintegração do servidor exonerado por força de processo administrativo, tendo em vista que a falta funcional foi apurada e teve a respectiva aplicação de penalidade, nos moldes da legislação aplicável ao servidor em referência.

Áo meu ver, as únicas hipóteses de ser questionado o direito à reintegração seria mediante o questionamento de alguma irregularidade/ilegalidade no trâmite do processo administrativo ou mediante comprovação judicial, por meio de ação, de que a causa da exoneração não corresponde com a verdade, ou seja que os fatos imputados ao servidor são insubsistentes.

Caso hipotético. SE a mim,Secretário Municipal de Administração, me for solicitado a elaboração de um parecer acerca da situação de determinados servidores, contratados antes do advento da constituição de 88,acerca de terem eles, ou não, direito a estabilidade, bem como de estarem ou não enquadrados nas hipóteses tratadas na emenda 19/98,no tocante ás hipóteses de exoneração, bem como acerca dos direitos de servidores a reablilitação, aposentadoria em cargo em comissão... Como devo proceder no tacante á forma.