tambem gostaria de saber esta pergunta, por isso comentei para não perde-la

Art. 3º Os casos omissos neste Código serão supridos:

    a) pela legislação de processo penal comum, quando aplicável ao caso concreto e sem prejuízo da índole do processo penal          militar;

    b) pela jurisprudência;

    c) pelos usos e costumes militares;

    d) pelos princípios gerais de Direito;

    e) pela analogia.

    Aplicação no espaço e no tempo 

Art. 3º Os casos omissos neste Código serão supridos:

    a) pela legislação de processo penal comum, quando aplicável ao caso concreto e sem prejuízo da índole do processo penal          militar;

    b) pela jurisprudência;

    c) pelos usos e costumes militares;

    d) pelos princípios gerais de Direito;

    e) pela analogia.

    Aplicação no espaço e no tempo 

Art. 80. Sempre que, no curso do processo, o Ministério Público necessitar de maiores esclarecimentos, de documentos complementares ou de novos elementos de convicção, (elementos de convicção entendo ser provas) poderá requisitá-los, diretamente, de qualquer autoridade militar ou civil, em condições de os fornecer, ou requerer ao juiz que os requisite.

Art. 427. Após a inquirição da última testemunha de defesa, os autos irão conclusos ao auditor, que dêles determinará vista em cartório às partes, por cinco dias, para requererem, se não o tiverem feito, o que fôr de direito, nos têrmos dêste Código

Por analogia creio que se deve aplicar o CPP

Art. 402. Produzidas as provas, ao final da audiência, o Ministério Público, o querelante e o assistente e, a seguir, o acusado poderão requerer diligências cuja necessidade se origine de circunstâncias ou fatos apurados na instrução. (Redação dada pela Lei nº 11.719, de 2008).

Pelo que entendi da pergunta é de se aplicar o art. 3º, “a” do CPPM c/c os arts. 479 e 481 do CPP.

Trago os artigos 378 e 379 do CPPM para análise.

Apresentação de documentos

Art. 378. Os documentos poderão ser apresentados em qualquer fase do processo, salvo se os autos deste estiverem conclusos para julgamento, observado o disposto no artigo 379.

Providências do juiz

§ 1º Se o juiz tiver notícia da existência de documento relativo a ponto relevante da acusação ou da defesa, providenciará, independentemente de requerimento das partes, para a sua juntada aos autos, se possível.

Requisição de certidões ou cópias

§ 2º Poderá, igualmente, requisitar às repartições ou estabelecimentos públicos as certidões ou cópias autênticas necessárias à prova de alegações das partes. Se, dentro do prazo fixado, não for atendida a requisição nem justificada a impossibilidade do seu cumprimento, o juiz representará à autoridade competente contra o funcionário responsável.

Providências do curso do inquérito

§ 3º O encarregado de inquérito policial militar poderá, sempre que necessário ao esclarecimento do fato e sua autoria, tomar as providências referidas nos parágrafos anteriores.

Audiências das partes sobre documento

Art. 379. Sempre que, no curso do processo, um documento for apresentado por uma das partes, será ouvida, a respeito dele, a outra parte. Se junto por ordem do juiz, serão ouvidas ambas as partes, inclusive o assistente da acusação e o curador do acusado, se o requererem.

Como no processo penal a busca pela "verdade real" é o elemento norteador do processo e, pelo que compreendi da pergunta, continuo sustentando que se aplica (por analogia) na audiência de julgamento o disposto nos arts. 479 e 481 do CPP por força do art.3º, 'a', CPPM) Quanto as fases anteriores à audiência de julgamento entendo que a prova pode ser incluída a qualquer momento observado o devido contraditório (art.379,CPPM e art.5º, LV, CF).

ATUALIZANDO

Lembrei desta postagem pois me deparei com a súmula do STJ qeu define um prazo mínimo de 48 horas entre a notificação da audiência e sua realização, mas se o art. 479 do CPP fala em três dias úteis, essas contas não iriam bater. Como pode a defesa ser intimada 48 horas antes e apresentar documentos três dias úteis antes.

Art. 479. Durante o julgamento não será permitida a leitura de documento ou a exibição de objeto que não tiver sido juntado aos autos com a antecedência mínima de 3 (três) dias úteis, dando-se ciência à outra parte.

Não há porque ter dúvida. Tanto o prazo de 48 hs da Sumula como o de 3 dias do art. 479 são prazos mínimos. De forma que é possível o ajuste de prazos para compatibilizar o art. 479 com a sumula. De forma a não cercear o direito de defesa do réu. O problema seria se os prazos fossem máximos. Aí não haveria como compatibilizar.