Isso depende, mas pode ser que perca o direito ao benefício.

Se vc tem matricula ativa como autônomo isso pode vir a ser um empecilho ao recebimento do benefício, afinal, ele se destina a quem não tem outra fonte de renda.

então eu não tenho matricula, é que aqui na cidade fiz um cadastro na prefeitura e emito nota fiscal, porém alguns falam que a emissão me declara como autônomo outros já dizem que não tem nada a ver, tipo é só um serviço não quer dizer que essa é a minha fonte de renda, porque não tenho vinculo e nem contrato.

Tem haver sim. Agora passa tudo pela Super Receita que é quem filtra benefícios, recolhimentos, cadastros e etc. Dê baixa nesse registro, assim ficará claro que vc não exerce nenhuma atividade que lhe dê renda.