APP's são decorrentes da própria lei, acredito que não são e nem devem ser desapropriadas, a não ser que algum órgão público tenha algum outro interesse, além da preservação ambiental, sobre tal área - no caso em tese a obrigação recai sobre a coisa/objeto que é o imóvel, verifica-se então que trata-se de uma restrição à propriedade que ganha publicidade com sua averbação no CAR ou órgão competente (Cadastro Ambiental Rural) e/ou no registro de imóveis.

A Ação de desapropriação indireta é movida pelo prejudicado se irá concordar ou não com os valores ou se terá ou não direito à ressarcimento, isto dependerá de várias condicionantes, mas uma coisa é certa a APP já prevaleceu - é o direito ambiental (direito coletivo) prevalecendo sobre o direito particular/individual (propriedade), em convergência com a função social da propriedade; e, ainda, mesmo que não fosse APP, poderia ser uma avenida, rua, viaduto, qualquer obra pública, ou área declarada de utilidade pública prevaleceria ao interesse particular.

Essa é minha opinião!