Desde que a empresa concorde..

De jeito nenhum, horário de almoço é horário de almoço e ponto.

Se ele chegou atrasado deve descontar ou não fazer nada, pois se ele resolver entrar na justiça tenho certeza que vai levar hora extra por supressão do intervalo intrajornada.

De modo algum, mesmo que alguém desinformado na empresa concorde com esta ilegalidade.

1º, a empresa pode impedir o acesso ao trabalho do funcionário que chegar com 60 min de atraso e lhe aplicar falta, perda do DSR e ainda advertência ou suspensão por isso.

2º, a empresa não pode suprimir o intervalo intra jornada quando a jornada é maior de 6h de duração, ela fere a lei e se arrisca a multas.