Mercadorias Apreendidas?

Eu e minha mulher começamos a fazer excursões pelo Brasil comprando roupas de qualidade no melhor preço possível e a revendê-las através de loja virtual e localmente em nosso estado, Mato Grosso do Sul. As roupas são compradas em São Paulo, Goiânia e Paraná e o que ouve-se muito é sobre a apreensão de mercadorias pelos postos fiscais da receita. Estamos com dúvidas sobre o porquê tais apreensões ocorrem sendo que as roupas são legítimas, não são cópias, nem importadas. Seria pela ausência de nota fiscal? E se positivo, teria como recuperar essas mercadorias após a apreensão caso emitíssemos notas de entrada com nosso CNPJ? Ou teríamos, infelizmente, perdido todos as mercadorias, sem choro, sem contestação??