Alguém terá de assumir às redeas da empresa, ou os empregados terão de buscar a justiça para que nomeie um interventor.

Deve alterar o contrato social excluindo o sócio preso?

Ou então alterando quem deverá representar a empresa.

Não pode excluir da sociedade quem tem cotas nesta sociedade, o fato dele estar impedido de exercer a gestão dos negócios não é razão para roubá-lo tirando-o da sociedade, mesmo que a intenção fosse de comprar a parte dele, ele não é obrigado a vender.

Na ausência dele, o gestor, os demais sócios respondem pela empresa, sem a menor dúvida, mas, quem irá ser o novo gestor vai depender do que consta no contrato social, e da decisão dos representantes do gestor afastado e dos demais sócios..

E se ele quiser vender as cotas? A compra e venda com retirada do sócio da sociedade pode ser anulada?

Quanto a venda das cotas esta deve seguir o previsto no Contrato Social, uma vez que não fira o que alí está determinado, ninguem pode anular o ato, exceto o governo ou a justiça se verificada alguma irregularidade.