No caso de homicídio com morte presumida, se o condenado - após cumprir a pena - matar a suposta vítima, pode ser preso?

Vai preso por homicídio!
E dependendo das circunstâncias, a pena se agrava!

fundamente Wesler.

Ninguem morre duas vezes. Se a pessoa foi condenada por matar uma pessoa e esse individuo ta vivo, obvio que caso ela mate nao vai poder ser presa de novo.

Isto não existe. Ninguém tem crédito por pena cumprida por homicídio para cometer um homicídio. Responde por crime de homicídio e pode ser de novo condenado.
Seria a mesma coisa que a pessoa tentar matar e ser condenada por tentativa de homicídio. Saindo da prisão vem a encontrar a vítima da tentativa. E vem a cometer homicídio consumado. Vale o tempo em que cumpriu pena por tentativa de homicídio como crédito para abater na pena pelo homicídio consumado? Claro que não.
Como a pergunta é em tese vou apresentar algumas teses. Se ele foi condenado por homicídio ainda que não encontrado o corpo de tal maneira que foi declarada a morte presumida é pelo fato de o conjunto fático probatório ter chegado à conclusão que ele de alguma maneira tentou praticar o homicídio. Ele pode ter até sido condenado por homicídio consumado quando deveria ter sido por homicídio tentado. Mas havia forte evidência que tinha havido um homicídio consumado e o condenado é que foi o autor. Se encontrar a vítima (presumo que de tentativa de homicídio) e vier a matá-la é claro que poderá ser condenado por homicídio consumado.
Quanto a hipótese em que a vítima desapareceu e não houve qualquer conduta do condenado contra esta e mesmo assim ele foi condenado por homicídio sendo inocente só resta conseguir indenização contra o Estado por erro do judiciário. Mas dizer que a pena injustamente cumprida em caso de prática de homicídio agora consumado implica aplicação de nova pena é dar licença para matar. O que é um absurdo.
Finalmente a condenação não é pelo mesmo crime. . E sim por um novo crime. Ainda que contra a mesma pessoa. O primeiro crime (ainda que suposto) foi em momento diferente do agora consumado. Então não é o mesmo crime pelo qual foi condenado. Os elementos tempo e espaço também influem na caracterização do crime. O local de prática do homicídio não consumado (ou que nem ocorreu) deve ter sido diferente do local onde ocorreu o homicídio efetivamente consumado.

Concordo com o Eldo.

A denúncia pelo 1º crime (que não ocorreu, pois a "vítima" está viva) seria totalmente diferente daquela do 2º crime (onde a vítima foi realmente morta), uma vez que as circunstâncias que configuram ambos os crimes (o suposto e o real) também diversas, o que faria com que fossem dois crimes diferentes.

As datas, horários, locais, modo de execução e outras circunstâncias que configuram os crimes seriam obrigatoriamente diferentes. Em resumo: embora se trate da mesma vítima, o crime jamais será o mesmo, motivo pelo qual poderá haver a condenação.

Bom ai teríamos que o acusado deveria entrar com uma revisão criminal por erro judicial pleitear a indenização e dai um novo processo onde poderia ocorrer desde a desclassificação até absolvição, ou quiça uma condenação até maior em relação a condenação anterior

ISS, aí se trata de julgamento pelo Tribunal do Juri. Se vítima do homicídio efetivamente realizado contribuiu de alguma forma para a condenação injusta prejudicando toda a vida do condenado sem culpa (escondendo-se ou escondendo a verdade ou armando todo um teatro para prejudicar o condenado injustamente) e o condenado indignado com o que avalia como tendo sua vida acabado cometer o homicídio não duvido que o júri decida até pela absolvição. Mas se o condenado é que levou com seu comportamento anterior a que todos entendessem ter havido o homicídio e após cometeu de fato o homicídio aí a conclusão pode ser outtra. E no juri ele ser condenado mais uma vez até com agravante.
São situações diversas que podem ocorrer. Mas absolvição automática por já ter sido condenado antes evidente que não é a solução adequada para a sociedade. Visto a ninguém ser permitido fazer justiça com as próprias mãos.