Se ela está com justificativa médica para o afastamento do trabalho o contrato fica suspenso, ela não terá direito ao aux doença, mas isso não quer dizer que possa ser rescindido o contrato.

Quem perde é a trabalhadora, pois o empregador não terá de recolher o FGTS, os meses que ficar afastada não irão contar para aquisição de férias ou de 13º.

Sugiro que ela converse com o médico e veja a possilidade de ser posta em alta e pedir demissão.