Bom dia!

A menos que esteja a 3 anos sem registro na carteira de trabalho, você mesmo homologando não teria direito ao saque do FGTS por conta da dispensa por Justa Causa. Se o seu caso for o mencionado 3 anos sem trabalho, o que é primordial é a baixa na sua carteira de trabalho.

e como eu faço isso?

A justa causa não impede a baixa no registro da carteira!!! Se na sua ainda não foi feita, é só voltar lá e pedir que o façam!!