Tem que procurar um advogado e explicar está situação de separação e registro de filhos.

Pois, no registro civil, por ele e ela estarem casados ainda, o cartório presume que ele seja o pai.

Então, pode entrar com a ação de negatória de paternidade.

Procure um advogado de sua região ou a defensoria pública, para anular e pedir, caso necessário, a devida indenização só pela via judicial.