Posso abrir algum processo contra a universidade?

Gostaria de tirar uma dúvida, estudo na universidade a 2 anos, sempre paguei os boletos das mensalidades em dia, pois com isso obtenho desconto, já cheguei a pagar até o semestre inteiro de uma única vez afim de evitar complicações quanto a pagamentos, porém este ano estou tendo uma certa dificuldade uma vez que paguei o boleto que vencia em 10/05 no dia 26/04, paguei pelo aplicativo do Itau que debita diretamente da minha conta, após um tempo consultei no portal da faculdade e a mesma estava ainda me cobrando aquela parcela. Fui a tesouraria umas 3 vezes, levei o boleto, levei o comprovante de pagamento, e o comprovante de que o pagamento não havia estornado a minha conta (extrato da conta corrente), lá o rapaz que atende me informou que não iria ser dado baixa uma vez que o código do boleto tinha dois números diferentes do comprovante, então me orientaram a abrir um processo interno, bom, abri o processo interno no dia 30/05 (a demora devesse as minhas idas a tesouraria, que sempre me pediam para esperar uma semana pela resposta do financeiro) e até hoje não tive respostas sobre isto, fui ao Itau conversei com meu gerente e até abri um SAC, então o responsável pelo setor de qualidade me passou o comprovante de que aquele pagamento realmente foi transferido a faculdade e que não teria sido vítima de fralde, uma vez que os números alterados não alteram a conta e que o boleto é retirado pelo próprio portal da faculdade sem ter como ter sido alterado o código de barras por terceiros, encaminhei este comprovante a faculdade e a atendente me informou o seguinte, que poderia enviar ao financeiro, mas não incluir ao processo já aberto e então entreguei a ela. Em meio a isto tudo estava em época das provas finais, inclusive cheguei algumas vezes atrasada por conta de ficar correndo atrás do pessoal da faculdade para que fosse me dada uma resposta. Moral da história: estou até o momento sem resposta e impossibilitada de fazer a rematrícula pois aparece um pagamento pendente, não sei mais a quem recorrer, não sei se pago uma segunda vez o boleto para que possa efetuar logo a rematrícula ou se espero mais, pois neste tempo todo está correndo juros, mas se não efetuar a matrícula logo posso ficar sem aulas no campus onde estudo, uma vez que só podemos fazer matrícula na turma até um certo limite de alunos. Será que seria possível a abertura de um processo?