caro eduardo, sao coisas distintas. do protesto( art 867, cpc): " todo aquele que desejar previnir responsabilidade, prover a conservação e ressalva de seus direitos ou manifestar qualquer intenção de modo formal, poderá fazer por escrito o seu protesto, em petição dirigida ao juiz, e requerer que do mesmo modo se intime a quem de direito"

nao se deve esquecer que também poderá ser feita por via extrajudicial.

o protesto é medida cautelar, enquanto que a execuçao é uma medida forçada , onde o credor pede ao juizo que o devedor cumpra a sentença ou penhore bens do devedor para satisfação do credor.

há titulos de credito que é preciso protestar para depois executar, pelo menos quanto ao garantidor, já na nota promissoria( tbm titulo de credito), nao é preciso protestar, basta executar o titulo direto.

o protesto e a execução estao em momentos diferentes no processo, enquanto o protesto é medida cautelar, a execuçao, é, se assim podemos dizer, parte final do processo, vem apos a sentença e o nao cumprimento desta pelo devedor. um grande abraço!