É obrigatório pagar a multa de permanência entanto que o agente federal esqueceu de registrar a data de saída?

O ano passado minha sogra saio do pais o 31 de maio 2015, a data foi registrado no passaporte. Na hora de ingressar novamente ao pais outorgaram a ela só 19 dias de permanência (16-07-16), não lhe foi explicado porque, sendo que como estrangeira membro do Mercosul tem direito a 90 dias. Fomos a policia federal mais próxima de nossa residencia e nos foi dito que o agente em Guarulhos o ano passado esqueceu de registrar a saída no computador. E que não teria como alterar isso aqui. A solução que nos deu foi pagar a multa na saída ou fazer uma renovação. Neste caso teria que justificar, mas pagando. É justo??? Diz que quem poderia modificar seria o agente no aeroporto, só que dependeria de ele para eliminar a multa.....ambos valores é mais da renovação de 110,44 reais. O erro foi do agente, no do estrangeiro.