A decisão da segunda instância não considera a decisão do juiz da primeira instância?

Minha dúvida é a seguinte: ganhei um processo trabalhista em primeira instância, onde houve uma perícia,feita por perito do trabalho indicado pelo juiz. Ocorre que ela, a perita é fisioterapeuta. Em sua análise tanto em minha pessoa qto do local de trabalho, atestou nexo de causalidade, porém minhas lesões tbem são degenerativas embora a empresa não cumprindo com a NR 17 estimulou precocemente o desenvolvimento das mesmas. Após a descoberta da minha incapacidade física a empresa me demitiu. Em primeiro instância foi deferido o pedido da reintegração, mas ouve recurso e foi para o TRT. Bom, ocorre que perdi na segunda instância TRT o que já havia ganhado em primeira. Como fica esta questão? O que o juiz da primeira instância determinou não vale de nada, nem o laudo atestando com causalidade trabalho x doença? A segunda instância pode indeferir o laudo da perita apenas por ela ser fisioterapeuta e não médica. E se esse for o caso, não deveria ser solicitada nova perícia??? Gostaria da sua opinião dos Srs a respeito do caso em tela.

Desde já agradeço!