Qual ação cabível quando o contribuinte já pagou o imposto e o Fisco continua cobrando?

Repetição do indebito.

Mesmo sabendo que o valor era devido? A cobrança não, já que foi paga.
Fiquei ma dúvida deste e de uma anulatória do débito

O contribuinte já apresentou o comprovante do pagamento na Receita? Ocorre que muitas vezes, por algum erro, o pagamento vai para outro sistema e fica desalocado. Isto é: não quita o débito. Pode ser o caso de providenciar um REDARF, que é a retificação do DARF.

O contribuinte já entrou com uma impugnação na esfera administrativa, só que ainda não foi julgado. Pode ter acontecido de não ter apresentado o comprovante ainda assim?

Para cada ação, há uma reação....na relação jurídica entre contribuinte e Fazenda o sujeito passivo pode reagir em face do sujeito ativo com recursos....Se houve alguma cobrança e a outra parte não concorda, reclame ou impugne a exigência com a prova pré-constituída e cancele a exigência.......No mesmo pedido, se já houver pago peça a restituição....Com o auto de infração vem a exigência de pagar, junte as provas de que já quitou e incontinenti peça a restituição.....