O atestado é contado em dias corridos pois é recomendação do médico a vc, e na eventualidade de vc trabalhar e ter escala de trabalho para os dias compreendidos no atestado, vc possa ser dispensado do serviço tendo sua ausência abonada, por isso o médico não pergunta antes em que dia vc folga.

Quer dizer, se tiver folga compreendida no atestado, não importa, o atestado só abona os dias de serviço.