A emissão do histórico escolar só é possível quando o curso é concluído, ou seja, quando não existem mais pendências, até porque não seria possível lançar sua nota na matéria em que ficou de DP. Sugiro que regularize a situação e depois requeira o histórico escolar. Por outro lado, existe uma "ação judicial" de apresentação de documentos, que, digamos que você logre êxito em vencê-la, receberá um histórico escolar com nota "negativa", isso seria interessante pra seu curriculum, ou para fins de concurso público? Melhor analisar com calma.

Como eu faço para realizar essa ''ação judicial?''

Procure um advogado de sua confiança, ou a Defensoria Pública, caso não tenha condições de pagar adv particular.