Alguém me ajuda, não sei como resolver afinal esse foi meu primeiro emprego

Trabalhei em uma empresa por quase dois anos porém minha data de admissão foi 01/02/2016, pedi demissão em janeiro/2017 e no mês de fevereiro/2017 cumpri o aviso prévio trabalhando até o dia 03/03/2017 para fechar 30 dias. O meu patrão não deu baixa na minha carteira marcou comigo para resolver dia 20/03/2017 ele disse que vai me pagar neste dia o valor que me deve. A questão é: eu FGTS sempre foi descontado e nunca foi depositado; Ele quer fazer um acordo comigo como se eu tivesse feito o aviso prévio em janeiro/2017 e em fevereiro/2017 eu fiquei como avulso na empresa (não entendi bem esse acordo que ele quer fazer comigo). Gostaria de saber o que devo fazer: devo aceitar o dinheiro que ele tem que me pagar? devo dar uma queixa na justiça do trabalho, mas não sei que fim vai levar lá; ou devo simplesmente contratar um advogado trabalhista e não aceitar dinheiro nenhum dele? obs. pessoas que trabalharam com ele ainda não receberam o FGTS ou falta dinheiro a receber. Tem uma pessoa que trabalha para ele e ainda não recebeu o salário de fevereiro.