A união estável se caracteriza pela informalidade, então independente do registro ela existirá e seus direitos também, mas se tornarão mais trabalhosos para se efetivá-los, pois poderá demandar a necessidade de intervenção judicial. Neste caso é recomendável que guarde todos os comprovantes de pagamentos diretos ou indiretos que fizer, em prol de aquisição e manutenção bens comuns ao casal.

Como sugerido por GabS, o melhor caminho é a conversa franca. Explique não registrar a união só causará transtornos maiores para ambos. E pense bem sobre o início dessa vida em comum, conversem sobre ela, pois um relacionamento que já se inicia com "reservas" e "interesses não muito claros", fatalmente terá muitas turbulências.