situação hipotética, talvez até inédita

Qual fim do cão? So Deus sabe, e cão não comete crime e por obvio o se vc leva o cão para sua casa e vc nao tem drogas e nem clientes o cao simplesmente vai dormir o dia todo.

Embora sejam objeto de proteção legal diferenciada, os animais ainda são considerados "coisas" perante o Direito brasileiro.

Desse modo, se o cão é "flagrado" pela polícia transportando drogas, a situação em tela, guardadas as devidas proporções, se assemelha àquela em que a polícia encontra um veículo abandonado cheio de drogas.

Assim, ambos (o cão e o veículo) poderão ser apreendidos, tendo em vista que igualmente ambos serão considerados "instrumentos do crime" eis que nem o cão e nem o veículo poderão, por motivos óbvios, serem definidos como agentes do fato criminoso, mas, como dito, meros instrumentos de sua execução.

Desse modo, o cão poderá, por exemplo, ser levado a alguma ONG para que promova a sua doação, e aí sim ele levará uma "vida de cão" certamente muito melhor do que a do traficante que o treinou.

E se o juiz interpretar que se este cão que foi para adoção, ele poderia ser adotado por outros traficantes ou comparsas já conhecidos para refazer as atividades criminosas.
Um juiz poderia decretar o sacrifício deste cachorro?

Não.

Ja viu juiz decretando que se derrube a casa onde residiu o traficante? ja viu juiz mandando queimar o veículo usado no trafico? Ja viu juiz mandando explodir aeronave? .
Com o cão nao vai acontecer absolutamente nada.