Olá! Em regra, a empresa não pode efetuar esse desconto, pois ela efetuou a dispensa por sua própria vontade, salvo se houver uma negociação coletiva ou algo do tipo para a autorizar aos respectivos descontos. No entanto, tem-se que analisar as especificidades do caso concreto. Se ela apenas liberou os funcionários, em tese não poderia descontar.