Caro Juliano,
Agora, parece que estou entendendo melhor o caso.
Em 2005, o Sr. registrou uma ocorrência em uma Delegacia por apropriação indébita (art. 168), mas não houve ação penal na ocasião (note-se: o boletim de ocorrência é apenas uma notícia de um suposto crime, e não o início de um processo-crime). Dito de outra forma, a sua ocorrência "não deu em nada".
Passados mais de 02 anos, o Sr.acabou sendo denunciado, juntamente com um terceiro, pelo Promotor de Justiça da Comarca. Como a pena mínima da apropriação indébita é de 01 (um) ano e o Sr. devia ser primário, foi proposta a suspensão condicional do processo. O Promotor, então, fez uma oferta (p.ex: pagamento de X reais para determinada instituição para encerrar o processo), porém o Sr. não aceitou, visto que pretende provar a sua inocência.
É isso, certo?
Pois bem. Se o Sr. não aceitou a proposta de suspensão, o processo tramitará normalmente, seguindo o rito comum ordinário. Provavelmente, haverá audiência de interrogatório, audiência de oitiva das testemunhas de acusação e aud// de oitiva das testemunhas de defesa. Ao final, cada uma das partes apresentará alegações finais por escrito e, então, o juiz proferirá a sentença (que será, necessariamente, ou condenatória ou absolutória).
O fato de o Sr. ser réu não significa há uma presunção de culpa contra si. A não-aceitação da proposta formulada pelo Promotor, de igual modo, também não milita em seu desfavor. O Sr. tinha todo o direito de optar pela via mais detalhada, com ampla possibilidade de produção de provas e com a garantia do contraditório.
Em tese, é possível que o próprio Ministério Público, ao final, requeira a sua absolvição, se entender que não foram coligidos indícios de autoria e materialidade suficientes para a condenação. Por outro lado, ainda que o Promotor reitere os termos da denúncia e requeira a sua condenação, o Juiz é livre para adotar um outro entendimento e absolvê-lo, por exemplo, por insuficiência de provas (art. 386, VI, Código de Processo Penal).
Assim, se o Sr. é realmente inocente, creio que fez a coisa certa ao não aceitar a proposta. Afinal, se nada de antijurídico fez, não havia motivo para sofrer sanção estatal alguma. Resta-lhe desdobrar-se para provar a sua inocência e conseguir a tão esperada sentença absolutória! E, ainda que seja condenado em primeiro grau, poderá apelar da decisão ao Tribunal de Justiça do seu Estado.
Antes de encerrar, cumpre-me informá-lo que, ao que consta, uma condenação contra o Sr. não poderia impor-lhe uma pena restritiva de liberdade (cadeia), já que, ao menos à primeira vista, a situação em que o Sr. se encontra permite a substituição da pena de prisão por pena restritiva de direitos, nos moldes do artigo 44 do Código Penal.
De qualquer modo, aquele que respondeu a um processo-crime em liberdade, com raras exceções, tem direito de recorrer da condenação em liberdade, ainda que a sentença lhe imponha uma reprimenda restritiva da liberdade.
Espero ter ajudado.
Boa sorte!
Até mais.