A minha Dúvida é a seguinte: Levei uma multa grave no processo de habilitação, essa multa pode fazer com que eu perca a PPD?

Se foi antes da conclusão do processo de habilitação, não vai fazer você perder a PPD, até porque na data da infração, você não era habilitado, e este tipo de penalidade não retroage.

Hum certo, então a PPD tem início a partir do momento que eu terminar todo o processo. Por exemplo: dei entrada na auto escola 01/02/2019 e terminei todo o processo 01/04/2019. Neste caso a PPD começa a valer 02/04/2019 ?

Se eu tomar uma multa no dia 16/03/2019 não interfere em nada. Correto!

Enquanto o processo não for concluído, e a PPD emitida, não pode haver punição por infrações, administrativamente.
Por mais que exista o Renach, onde é registrado TUDO o que ocorreu desde à entrada no processo de habilitação, infrações anteriores à conclusão do mesmo não devem ser cadastradas.