Porque a empresa faz a retenção mês a mês e a declaração é do ano todo. Simples assim.

Não é simples assim, afinal o rendimento anual dele é está na segunda faixa, acima de R$ 1999,00 a 2967,00. Logo o valor retido na fonte não corresponde aos 7,5% sob a arrecadação anual. Esse valor retido de - R$50,00 é a diferença do valor devido e o qua foi descontado? Pergunto isso por que no meu informe de rendimentos estou na mesma faixa que ele e foi descontado valores superiores ao dele e com a mesma média da renda anual.

Mas não é descontado pela média. É descontado mês a mês. Fez hora extra paga mais, saiu de férias e vendeu alguns dias dessas férias paga mais, e por aí vai.