Como se define direito indisponível

Entendo que sim. Afinal a liberdade é um direito indisponível e só é restringida naqueles casos em que o Estado acha necessário para garantia da paz social. E tal direito incluiria inclusive gradação na forma de aplicação de pena de privação da liberdade de acordo com a lei vigente e jamais de acordo com a vontade do preso.
Não entendi o motivo de influencia de facções criminosas. Num regime aberto creia que seria menor. De qualquer forma o Estado não pode pautar sua ação inclusive na aplicação da pena por ação de grupos criminosos. Seria a desmoralização do Estado. Então desde logo descarte-se influencia de grupos criminosos para qualquer decisão sobre progressão ou não da pena.
Se deixarmos ao preso decidir como quer ser cumprida sua pena de liberdade chegaremos ao ponto em que cumprida a pena ele pode até desejar continuar na cadeia o resto da vida por achar que não pode se adaptar lá fora. E aí imagine-se como ficará lotado o sistema prisional.