Então ela não apenas recolheu. Ela simplesmente declarou em GFIP o que deveria declarar mes a mes em determinados meses. O que cabe é ele levar comprovantes de pagamento ao INSS e solicitar a retificação do CNIS para os meses corretos.
Vide estes dispositivos da lei 8213, de 24/7/1991.
Art. 29-A. O INSS utilizará as informações constantes no Cadastro Nacional de Informações Sociais – CNIS sobre os vínculos e as remunerações dos segurados, para fins de cálculo do salário-de-benefício, comprovação de filiação ao Regime Geral de Previdência Social, tempo de contribuição e relação de emprego. (Redação dada pela Lei Complementar nº 128, de 2008)
§ 1o O INSS terá até 180 (cento e oitenta) dias, contados a partir da solicitação do pedido, para fornecer ao segurado as informações previstas no caput deste artigo. (Incluído pela Lei nº 10.403, de 8.1.2002)
§ 2o O segurado poderá, a qualquer momento, solicitar a retificação das informações constantes no CNIS, com a apresentação de documentos comprobatórios sobre o período divergente. (Incluído pela Lei nº 10.403, de 8.1.2002)
§ 2o O segurado poderá solicitar, a qualquer momento, a inclusão, exclusão ou retificação de informações constantes do CNIS, com a apresentação de documentos comprobatórios dos dados divergentes, conforme critérios definidos pelo INSS. (Redação dada pela Lei Complementar nº 128, de 2008)
§ 3o A aceitação de informações relativas a vínculos e remunerações inseridas extemporaneamente no CNIS, inclusive retificações de informações anteriormente inseridas, fica condicionada à comprovação dos dados ou das divergências apontadas, conforme critérios definidos em regulamento. (Incluído pela Lei Complementar nº 128, de 2008)
§ 4o Considera-se extemporânea a inserção de dados decorrentes de documento inicial ou de retificação de dados anteriormente informados, quando o documento ou a retificação, ou a informação retificadora, forem apresentados após os prazos estabelecidos em regulamento. (Incluído pela Lei Complementar nº 128, de 2008)
§ 5o Havendo dúvida sobre a regularidade do vínculo incluído no CNIS e inexistência de informações sobre remunerações e contribuições, o INSS exigirá a apresentação dos documentos que serviram de base à anotação, sob pena de exclusão do período. (Incluído pela Lei Complementar nº 128, de 2008)
Para contribuinte individual a empresa é responsável pelo recolhimento a partir de 4/2003. Presumo que todas as competencias (meses) com erro sejam posteriores a esta. Antes a responsabilidade era do contribuinte individual. Então pode ser usada a faculdade do art. 29 A § 2º.