O princípio do promotor natural, corolário do devido processo legal e expressão concreta da vedação a juízos e acusações de exceção, projeta-se como garantia institucional e individual. Institucional, porque preserva a autonomia funcional do Ministério Público; individual, porque assegura ao investigado e ao réu que não haverá escolha arbitrária do órgão acusador.
A designação do membro do Ministério Público deve decorrer de critérios prévios, objetivos e abstratos, vedando-se substituições casuísticas ou direcionadas.
A Constituição da República, ao disciplinar o Ministério Público nos arts. 127 e 128, conferiu-lhe unidade, indivisibilidade e independência funcional. Tais princípios, entretanto, não autorizam desordem interna ou indefinição de atribuições. Ao contrário, reclamam organização normativa clara, com repartição prévia de competências, a fim de que cada membro atue nos limites institucionais estabelecidos.
Se determinado membro do Ministério Público entende não possuir atribuição para atuar em certo feito, não lhe é dado simplesmente declinar e transferir a causa por ato unilateral definitivo. O reconhecimento de eventual incompetência interna pode gerar conflito negativo de atribuições, que deverá ser solucionado pelo órgão competente segundo a estrutura do respectivo ramo ministerial.
Quando se trata do Ministério Público da União, especialmente em controvérsias entre membros de ramos diversos — por exemplo, entre o Ministério Público Federal e o Ministério Público do Trabalho —, a solução do conflito de atribuições é submetida ao Chefe da Instituição, isto é, ao Procurador-Geral da República, na condição de autoridade máxima do Ministério Público da União, conforme entendimento consolidado na jurisprudência do Supremo Tribunal Federal.
A Suprema Corte firmou orientação no sentido de que conflitos de atribuições entre membros do Ministério Público da União não configuram conflito de competência jurisdicional, mas controvérsia interna corporis, a ser dirimida pelo Procurador-Geral da República, e não pelo Poder Judiciário, ressalvadas hipóteses excepcionais de manifesta ilegalidade ou ofensa a preceitos constitucionais.
Diversa poderá ser a solução quando o conflito envolver Ministério Público estadual, caso em que a disciplina normativa local e a posição do respectivo Procurador-Geral de Justiça assumem relevo, sem deslocamento automático para o Procurador-Geral da República. A solução depende, pois, da natureza institucional dos órgãos envolvidos.
Assim, a resposta exige precisão: se o membro do Ministério Público da União entende não possuir atribuição e instaura-se conflito negativo entre órgãos do próprio MPU, caberá ao Procurador-Geral da República dirimi-lo. Não se trata de mitigação do princípio do promotor natural, mas de sua preservação, pois a definição centralizada evita designações arbitrárias e assegura coerência institucional.
O promotor natural não é um indivíduo imutável, mas a expressão de uma regra objetiva de competência previamente traçada. Quando há dúvida sobre essa regra, a ordem jurídica oferece mecanismo interno de solução, a fim de que a atuação acusatória permaneça fiel à legalidade, à impessoalidade e à justiça. É na harmonia entre autonomia funcional e disciplina institucional que se resguarda a legitimidade da persecução penal e se preserva a confiança pública na atuação ministerial.
