O empréstimo não impede o pedido de exoneração.

Por outro lado, considerando que você provavelmente obteve condições diferenciadas do banco (taxas de juros menores, prazo mais alongado) em função de ser servidora, deverá ver o que diz o contrato em caso de exoneração.

Buscar negociar você pode a qualquer momento. Se o banco irá ou não aceitar, é outra história. E obrigado ele não é. Mas tente. O "não" você já tem.