Caro amigo! Não só é possível, como é devido, legalmente, a cobrança de taxa de licenciamento das empresas ME e EPP, pois esta cobrança é uma Taxa, e não encontra-se no rol das isenções concedidas pela lei que criou as empresas ME e EPP, até por ser de exclusiva competência municipal estabelecer esta cobrança de taxa, que, a princípio, deve estar regulamentado no Código Tributário Municipal.