A questão não é se ele dise uma doença e o atestado mostra outra. O que vc precisa fazer para comprovar a fraude é abrir procedimento de conferência de emissão de atestado.

Primeiro identifique o emissor do atestado (conforme a instituição, se pública ou privada, os procedimentos podem mudar um pouco), entre em contato com este emissor e busque saber como vc deve fazer para confirmar a legitmidade do atestado emitido. Não caia na conversa do atendente se ele vier com o papo de verificar o timbre do papel ou o registro do médico. Isso tudo não valida o atestado.

Normalmente os órgãos públicos de saúde requisitam a original e cópia do Contrato Social da empresa, o CNPJ (o cartão que vc baixa no site da RFB), se for o próprio empregador sócio da empresa não precisa de procuração, mas se for um gerente não sócio terá de ter uma procuração (confirme com o órgão de saúde qual o tipo de procurar eles exigem, às vezes querem uma específica), o comprovante de endereço da empresa. Do empregado que apresentou o atestado talvez precise da cópia e original (confirme) do Registro de Empregado e/ou Crachá Funcional.

Com isso vc irá ter certeza se o atestado é legítmo, e se foi emitido pelo dito estabelecimento de saúde se de fato foi para aquela pessoa que consta no atestado.

Confirmando tudo, sendo váliada a consulta, o atestado emitido, ele terá validade, não importando o prazo nele descrito. Caso se descubra que é falso, mesmo que o papel seja da instituição de saúde, mesmo que o médico lá atenda, mas não foi emitido para aquele paciente, seu empregado, então, vc pode aplicar justa causa ao empregado ou exigir que ele se demita sob pena de responder a processo por fraude, recomendo que ele faça uma confissão de próprio punho, reconhecendo a culpa e os atos praticados, isso lhe garantirá que ele não processe a emrpesa alegando ter sido obrigado a se demitir.