Oi, Rodrigo,

Você deve procurar a pessoa para quem pagou o cheque e pedir uma quitação, que deve ser autenticada. De posse dela, de cópia microfilmada do cheque (para provar que o cheque foi passado para essa pessoa) e de certidão negativa de protestos, você consegue limpar seu nome, levando esses documentos ao banco..

Espero ter ajudado.