A empresa pode somente complementar o valor do vale transporte, isto está correto.
Ex. Se a empresa deposita 100 reais de vale transporte no mês e eu gasto só 80, tendo um saldo de 20 no mês seguinte eles irão depositar somente este 80, isso e possível.
Sim, o empregador fornece o VT para os dias do mês que irá começar, se o funcionário deixa de usar algum dia, por qualquer motivo, resultando assim e saldo positivo, o empregador deve apenas completar o saldo. Se o funcionário usa de meio proprio de transporte (carro, carona, moto, bicicleta, ou vai à pé) ele deixa de ter direito ao VT, e manter-se recebendo o beneficio ele incorre em fraude e má fé, o que enseja até justa causa..