Se eles já te adiantaram o VT e VR do proximo mês que vc não irá mais trabalhar então eles tem o direito de descontar. Agora se vc nem tirou essas férias, não entendo como eles podem descontar os beneficios. Quantos meses vc teve de contrato?

Com base legal em que? Na lei de estágio não existe essa previsão.

Talvez o Vale Refeição. Pois o vale Transporte não pode ser descontado De acordo com o Art 12 da lei 11.788 / 08

O contrato atual estava na vigência, porém trabalhei alguns meses como foi dito sem o contrato assinado

Mas o que não pode ser descontado é o percentual de desconto que um emprego CLT teria. O beneficio, se vc não vai usar para a empresa pode sim ser descontado. A empresa te da esse beneficio de VT para vc ir trabalhar, mas se vc não irá mais trabalhar a empresa não pode ficar com esse prejuizo