Não pode.

Ser emancipada não diz que ela se torna maior de idade. Mesmo respondendo diretamente pelos atos próprios, ela não deixa de ser adolescente, menor de idade portanto.

E diz o ECA, com amparo na Constituição Federal, que "aos pais incumbe o dever de sustento, guarda e educação dos filhos menores" (art. 22) e que é "dever da família, da comunidade, da sociedade em geral e do poder público assegurar, com absoluta prioridade, a efetivação dos direitos referentes [...] à educação..." de crianças e adolescentes.

Se ela tem algum tipo de fobia ou transtorno que a impeça de frequentar as aulas, ela deve ser levada a um profissional de saúde mental para acompanhamento. Não se pode simplesmente deixa-la parar de estudar, pois assim estará comprometendo o futuro dela, pois não terá os pais a vida toda para cuidar dela.