O que você pagou adiantado é a caução. Ela serve para ressarcir o locador em caso de algum dano que você venha a causar a ele (danos no imóvel, inadimplência no pagamento de alguma conta etc.).

O correto é você pagar o aluguel normalmente, e ao final do contrato, não havendo qualquer dano a ser indenizado ao locador, ele devolver esse valor.

De todo modo, se o locador aceitar que o valor seja abatido no aluguel, nada errado.