Vejamos o que diz a CLT:
Art. 462 - Ao empregador é vedado efetuar qualquer desconto nos salários do empregado, salvo quando este resultar de adiantamentos, de dispositivos de lei ou de contrato coletivo.
§ 1º - Em caso de dano causado pelo empregado, o desconto será lícito, desde de que esta possibilidade tenha sido acordada ou na ocorrência de dolo do empregado.(grifamos).
Veja: neste caso seria necessário verificar o contrato individual que o Sr assinou! Pois é possível sim que tenha esta cláusula de autorizando que eventuais prejuízos, ainda sem dolo (intenção) sejam descontados do seu salário!