Assim como os conflitos sociais são inúmeros e variados, os órgãos jurisdicionais necessitam de especializações das causas que serão apreciadas. A expressão da jurisdição estatal é uma só – unitária –, mas seu exercício é distribuído pela Constituição e leis ordinárias que determinam a competência jurisdicional. A pertinência das causas aos órgãos jurisdicionais é regulada constitucionalmente nas justiças denominadas "especiais" (do Trabalho, Eleitoral e Militar) e as justiças "comuns" (Federal e Estadual).

No âmbito da lei de ação civil pública, antigo entendimento versava sobre a problemática do artigo 2º. O STJ editara a Súmula 183 dispondo que "compete ao Juiz Estadual, nas comarcas que não sejam sede de Vara da Justiça Federal, processar e julgar ação civil pública, ainda que a União figure no processo". Incidiu em grave inconstitucionalidade porque a competência da Justiça Federal está fixada no artigo 109 da Constituição expondo que a Justiça Estadual exercerá a jurisdição Federal excepcionalmente e restritivamente nas causas em que for parte instituição de previdência social e segurado.

Em seguida o STF entendeu que o afastamento da jurisdição Federal somente se daria com referência expressa à Justiça Estadual, como a que fez o constituinte. Tal posicionamento levou ao cancelamento desta súmula.

Assim, havendo interesse da União, a competência é da Justiça Federal, mas veremos que não é sempre assim.

Dentre os bens da União, elencados no artigo 20 da constituição, se encontram os lagos, rios e quaisquer correntes de água em terrenos de seu domínio, ou que banhem mais de um Estado, as ilhas oceânicas e as costeiras, os potenciais de energia hidráulica e o mar territorial. Lendo tais enunciados poder-se-ia concluir que danos causados nestas áreas caracterizam interesse da União.

O Código Florestal define que a Área de Reserva Legal Florestal, é tipificada como necessária ao uso sustentável dos recursos naturais e ao abrigo e proteção de fauna e flora nativas. Contudo, a súmula 38 do STJ versa que compete à Justiça Estadual o processo por contravenção penal, ainda que praticada em detrimento de bens, serviços ou interesse da União ou de suas entidades. Tal código dispõe sobre delitos de contravenção, forçando concluir-se que em alguns danos ambientais, mesmo havendo interesse da união, a competência é Estadual.

Diferentemente, a lei 9.605/98, que regula os delitos praticados contra o meio ambiente – que nada dispõe sobre competência – tipifica crimes e não contravenções. Neste caso, havendo interesse da União, a competência é Federal.

Em que pese o art. 23, incisos VI e VII, da Carta Republicana dispor que a proteção ao meio ambiente constitui matéria de competência comum da União, Estados, Distrito Federal e Municípios, existem áreas que são protegidas pelo governo Federal e denotam interesse da União deslocando a competência para a justiça Federal.

Em resumo pode-se dizer que a competência para julgar as contravenções penais ambientais é da Justiça Estadual. Desloca-se para a Justiça Federal nos crimes ambientais praticados em detrimento de bens, serviços ou interesses da União, ou suas autarquias ou empresas públicas.

A verdade é que a determinação da competência da jurisdição em matéria ambiental não foi tratada satisfatoriamente pelo legislador ensejando interpretação jurisprudencial e doutrinária. A sensibilidade dos juízes e o dinamismo dos promotores e das associações legitimadas no espectro das ações ambientais propostas é que conduzirá à interpretação correta ante a falta de regulamentação legislativa em matéria de determinação da competência jurisdicional.